Az időzítők a GPIO-k mellett az egyik alapvető elemei egy mikrovezérlőnek. Feladatok százaihoz használnak a vezérlők időzítőket, de a gyártók a felhasználók számára is elérhetővé teszik azokat. Beállítható külső forrású helyett időalapon generált ISR, garantálva például egy feladat azonos időközönkénti végrehajtását várakozási idők kalkulációja nélkül. Használhatók az időzítők időzített altatásra, időbélyeg generálásra és sok másra.
Az időzítő órajelét a prescaler segítségével lehet leosztani, azaz lelassítani a számlálást. Lehetséges értékeit a felhasznált eszköz dokumentációja adja meg. Általában a fejlesztő csak frekvenciát (vagy felbontást) ad meg, ebből számol prescaler értéket az IDE. Egy 16-bites prescaler lehetséges értékei az 1 és 65535 közötti egészek.
$ f_{\text{timer}} = \dfrac{f_{\text{clock}}}{\text{Prescaler}} $
A hibásan megírt kód feltöltését a fordító akadályozza meg, azonban ha a kód nem tartalmaz elgépelést, nem megfelelő adattípust vagy egyéb problémát, akkor a program gond nélkül felkerül a vezérlőre. Ha futás közben rossz kód vagy hardveres hiba miatt beragad a processzor és közben semmi mást nem tud csinálni, akkor ki kell onnan szabadítani. A watchdog időzítő feladata figyelni az efféle beragadást és újraindítani a rendszert.
Az impulzus-szélesség moduláció felhasználása nagyon sokrétű. A gyors ki- és bekapcsoláson alapul, de nem a jel nagysága vagy frekvenciája változik, hanem az alacsony és magas jelek időbeli aránya. Kitöltési tényező az arány neve, százalékban szokás megadni. Egy LED karakterisztikája nem engedi a fényerő szabályozását a feszültség és áram változtatásával. Azonban PWM segítségével egy 30% kitöltési tényezőjű jellel meghajtott LED fényerejét az emberi agy 30%-os fényerejűnek látja, mivel a látás egy természetes aluláteresztő szűrőt tartalmaz. Inverterek, töltésvezérlők, DC motorvezérlők mind használnak PWM-et működésük során.